У нас студенты сами выбирают курсы, которые они хочет посещать

Для большинства учебных заведений вовсе не обязательно вводить индивидуальных учеников.

Бывает просто достаточно ввести например урок для "мальчиков" из 5А класса. Программа будет знать, что группу девочек и группу мальчиков можно ставить в один период (в одно время), так как у них нет общих учащихся.

Допустим, учитель ведет биологию для всего 6А и физкультуру для мальчиков из 8Б. Скорее всего, какой-то другой учитель ведет физкультуру у девочек из 8Б класса:

Однако, если в вашем образовательном учреждении используются индивидуальные образовательные траектории (когда учащиеся сами выбирают предметы, которые они хотят изучать), то не ясно, могут ли быть два предмета одновременно или нет - это зависит от того, есть ли в группах один и тот же ученик или нет.

Для решения нужно сделать несколько шагов:

1. Добавить обучающихся в меню "Спецификация / Семинары";
2. Добавить для каждого ученика его выборы;
3. Затем нужно им ввести уроки.

Пример:

1. В 9-ом классе есть ученик Иванов Максим;
2. Максим выбирает два предмета: химию и биологию;
3. Школа определяет, что уроки 9-ых классов по биологии могут вести два учителя: Учитель А и Учитель Б.

Во время составления расписания программа сама решит, к кому пойдет Максим - к учителю А или учителю Б. Либо его урок останется не поставленным в расписание, если программа не найдет места для уроков Максима.

Для получения более детальной информации смотрите:
Как пользоваться функцией семинаров?